國家支持微生物肥料發展，在政策與項目資金方面支持力度穩步加大，尤其是重點鼓勵進行微生物肥料在“土壤調理”方面的技術研發。生物產業是我國七大戰略性新興產業之一，生物肥料部分則是生物產業的重要部分。在國務院《促進生物產業加快發展的若干政策》【國辦發（2009）45號】，以及國務院《生物產業發展規劃》【國發（2012）65號】文件中，微生物肥料被納入 “農用生物制品發展行動計劃”，并將微生物肥料列為高新技術產業和戰略性新興產業；明確提出要加快突破 “保水抗旱、荒漠化修復、磷鉀活化、抗病促生、生物固氮、秸稈快速腐熟、殘留除草劑降解及土壤調理”等生物肥料的規模化和標準化生產技術瓶頸，提升產業水平。

發展微生物肥料產業是國家可持續農業、生態農業發展的關鍵環節，微生物肥料產品將來無疑是無公害食品、綠色食品、有機食品生產的主力肥源。近年來，微生物肥料的獨特效果引起了業界的高度關注，也備受農民朋友青睞！目前，我國微生物肥料的應用范圍基本涵蓋了糧食、油料、蔬菜、果樹、中草藥、煙草等各種類型作物。2012年12月國務院發布的《生物產業發展規劃》發布后，相關推動政策有：原農業部2015年制定的《到2020年化肥使用量零增長行動方案》、《到2020年農藥使用量零增長行動方案》，原農業部2017年制定的《開展果菜茶有機肥替代化肥行動方案》，在化肥使用結構上提出“兩優化”的技術路徑：優化氮磷鉀配比，促進大量元素與中微量元素的配合；優化肥料結構，加快推廣緩釋肥料、水溶肥料、生物肥料等新型肥料，將生物肥料作為加快新產品推廣的一項重要內容。一是加大政策扶持力度，不斷完善財政、稅收、金融等扶持政策，積極支持微生物肥料生產，鼓勵和引導農民科學使用微生物肥料。二是加大技術推廣力度，配合測土配方施肥、耕地保護與質量提升、東北黑土地保護利用、湖南重金屬污染耕地修復治理、化肥和農藥減施增效綜合技術開發等項工作的開展，集成推廣測土配方施肥、增施有機肥、微生物肥料改土培肥等技術，減少化肥農藥的不合理施用，培育良好的土壤生態環境；采用補貼物資招投標辦法，將具有改土培肥功效的微生物肥料納入技術補貼范圍。三是大力推廣秸稈腐熟還田技術，2008年起，中央財政安排土壤有機質提升專項經費，通過技術補貼，鼓勵和引導農民實施農作物秸稈腐熟還田，將具有加快農作物秸稈腐解進程功效的秸稈腐熟微生物菌劑納入技術補貼范圍。2016年，中央財政資金繼續開展耕地保護與質量提升補貼項目，支持秸稈腐熟還田技術的推廣應用。2022年5月10日，國家發改委發布《“十四五”生物經濟發展規劃》（下稱《規劃》），引起農資行業關注的是，《規劃》明確了功能型微生物等生物技術在土壤修復中的應用，這是國家層面對微生物肥料的再度肯定，《規劃》提出運用功能型微生物、酶制劑等生物技術，推動實現水體脫氮除磷、重金屬土壤修復、固體廢物利用處置，推動提高秸稈綜合利用水平，發展污染物生物環境響應監測、生物降解和生物修復、生物資源回收利用等生物環保產業鏈，助力打贏大氣、水、土壤等污染防治攻堅戰。可以預料，未來微生物肥料產業將迎來更大的發展空間。今后，微生物肥料的開發應用必將為傳統農業的轉型和發展，為我國提升耕地質量，改善農產品品質，保護生態環境提供不可替代的技術支持。